La historia de Akko se remonta al período cananeo. Originalmente estaba situado en Tell el-Fukhtar (dos kilómetros al este, cerca del estadio), en el que se llevaron a cabo excavaciones a partir de 1973 por un equipo internacional de arqueólogos.
Bajo los niveles de ocupación helenística y persa, se revelaron restos de un asentamiento cananeo, que los hallazgos más recientes sugieren que puede haber estado ocupado ya en el año 3000 a. C.
La ciudad fue conquistada por los faraones Tutmosis III y Ramsés II, quienes reconocieron la importancia estratégica de su sitio.
Desde el 532 a. C. hasta la conquista griega en el 332 a. C., Akko era persa. En el 219 a. C., pasó a manos de los seléucidas, gobernantes de Siria, pero pudo mantener su independencia como ciudad-estado.
Herodes el Grande recibió aquí a Octavio, futuro emperador Augusto, y posteriormente construyó un gimnasio en la ciudad. En el 67 d. C., Vespasiano utilizó Akko, junto con Cesarea, como base para su campaña en Palestina.
La ciudad también prosperó en la época bizantina, y desde el siglo VII bajo los omeyas, cuando era el puerto de la capital omeya de Damasco.
Los cruzados no pudieron tomar la ciudad hasta 1104, cinco años después de la conquista de Jerusalén. Le cambiaron el nombre a St. Jean d’Acre y se convirtió en la sede de los Caballeros de San Juan.
Las ciudades italianas de Génova, Pisa y Venecia establecieron puestos comerciales en la ciudad, y se convirtió en una ciudad portuaria ajetreada y floreciente. En 1187, los cruzados se vieron obligados a entregar la ciudad a Saladino, pero fue recuperada en 1191 por Richard Coeur de Lion.
Después de la pérdida de Jerusalén en 1187, Acre se convirtió en la capital del reino cruzado, con una población estimada en 50.000.
En 1219, San Francisco de Asís visitó la ciudad y estableció un convento. En 1228, el emperador Federico II desembarcó aquí durante su Cruzada, al igual que Luis IX de Francia en 1250, después de su infructuosa campaña contra Damieta. Poco después, hubo un amargo conflicto, casi equivalente a una guerra civil, entre las dos órdenes religiosas, los Caballeros Hospitalarios de San Juan y los Templarios.
En 1290, los cruzados masacraron a un gran número de musulmanes. Cuando el sultán mameluco El-Ashraf Khalil capturó la ciudad al año siguiente, se vengó y el reino cruzado llegó a un final sangriento después de una existencia de poco menos de 200 años.
Después de la destrucción de la ciudad, permaneció deshabitada durante más de 200 años, hasta que fue reconstruida por el emir druso Fakhr ed-Din en el siglo XVII.
Alrededor de 1750, fue ampliado por Daher el-Amr, y este proceso fue continuado por su asesino y sucesor Ahmed el-Jazzar (el «Carnicero»), natural de Bosnia, que gobernó como Pasha desde 1775 hasta 1805. En 1799, con ayuda británica, resistió el asedio de la ciudad por parte de Napoleón.
De 1833 a 1840, Akko estuvo en manos de Ibrahim Pasha, quien derrotó a los turcos en Palestina con sus fuerzas egipcias, pero las potencias europeas lo obligaron a retirarse.
En la última parte del siglo XIX, Akko perdió su importancia como puerto para Beirut y luego Haifa. Cuando las fuerzas británicas capturaron la ciudad a los turcos en 1918, tenía una población de 8.000 habitantes, la mayoría de ellos árabes.
En 1920 y nuevamente durante la Segunda Guerra Mundial, las autoridades británicas utilizaron la Ciudadela como prisión para los combatientes clandestinos judíos. La ciudad fue ocupada por tropas israelíes el 17 de mayo de 1948.
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